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標題摘要內容
RNA sequencing
Exosome RNA测序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 9026 次浏覽 | 分享到:


        Exosome
(外泌體)是活細胞分泌的來源于晚期核內體(也稱爲多囊泡體)的膜性囊泡,存在于體液中,包括血液、唾液、尿液和母乳等。目前研究發現,exosome內含有與細胞來源相關的蛋白質、脂質和各類核酸分子,尤其是miRNAlncRNAExosome能夠通過生物屏障,在細胞間傳遞功能性核酸分子,從而發揮各種生物學功能,有望成爲一種新型給藥途徑及基因治療載體。

        
吉賽生物提供外泌體提取hokenoly.com,能夠快速分離提取exosome RNA進行建庫測序,滿足外泌體mRNAlncRNAcircRNAmiRNA的不同研究需求。

技術路線



樣本要求

        樣品類型:血清、血漿、尿液、或細胞上清液

        物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

 

測序方案

        分析對象:mRNA+lncRNA+circRNA

        測序模式 PE150

        測序數據量 10 Gb


        分析對象:
miRNA

        測序模式 PE150

        測序數據量 10 M reads

生物信息分析內容

長鏈轉錄組分析內容

        1 原始數據質控檢查   

        2 比對結果質控檢查

        3 基于基因表達的樣品主成分分析

        4 差異基因表達及相關通路富集分析

        5 circRNA預測及鑒定

        6 circRNA差異分析

        7 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

        8 差異circRNA的靶向miRNA預測分析

        9 長鏈非編碼RNA差異分析

        10 基于基因表達的通路活性分析

        11 轉錄調控活性分析及通路互作分析

        12 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

        13 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

 

miRNA分析內容  

        1 miRNA測序分析

        2 原始數據質控檢查

        3 比對結果質控檢查

        4 miRNA預測

        5 ncRNA注釋(rRNA / tRNA / snRNA / snoRNA / piRNA

        6 基于miRNA表達的樣品主成分分析

        7 miRNA差異分析

        8 差異miRNA靶基因GO功能分析

        9 差異miRNA靶基因通路分析

        10 差異miRNA与差異表达基因调控分析(如果有mRNA測序結果)

        11 差異miRNA与差異表达基因网络绘图(如果有mRNA測序結果)


高通量測序?