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RNA sequencing
FFPE降解RNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 6884 次浏覽 | 分享到:


        福爾馬林固定石蠟包埋(
Formalin-Fixed and Parrffin-EmbeddedFFPE)的組織樣品廣泛保存在世界各地的醫院及組織樣品庫中,是用于疾病診斷和科學研究的最爲常見的生物學資源之一。然而,在FFPE組織標本的制備和貯存過程中,組織經福爾馬林固定、石蠟包埋後很容易引起RNA的交聯和降解,科研人員很難獲得足量高質量的RNA樣本。


        吉賽生物擁有強大的專業技術團隊,豐富的核酸抽提經驗,能夠獲得滿足後續建庫需求的
RNA樣品。

技術路線

 



樣本要求

        樣品類型:FFPE樣品

        樣品固定:組織樣本切成小塊後,一個小時內固定,固定時間約24h,不宜過長。

        樣品保存:無切面存儲,避免氧氣、水及其他環境因素的影響,4℃保存。

        樣品量:10 μm切片8-10片。

        樣品运输:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,冷凍運輸。

測序方案

        測序模式 PE150

        測序數據量 10Gb clean data

生物信息分析內容

基礎分析  

        1 原始數據質控檢查

        2 比對結果質控檢查

        3 基于基因表达的樣品主成分分析

        4 差異基因表達及相關通路富集分析

        5 circRNA預測及鑒定

        6 circRNA差異分析

        7 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

        8 差異circRNA的靶向miRNA預測分析

        9 長鏈非編碼RNA差異分析

高級分析 

        10 基于基因表達的通路活性分析

        11 轉錄調控活性分析及通路互作分析

        12 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

        13 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

高通量測序?