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標題摘要內容
RNA sequencing
全轉錄組測序服務
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 13744 次浏覽 | 分享到:


        轉錄組是指某個物種或特定細胞在某一功能狀態下産生的所有
RNA的总和,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA)。目前研究较多的非编码RNA又包括:circRNA,miRNAs,及lncRNAs等。基于高通量測序平台的转录组测序技术能够全面获得物种特定组织或器官的转录本信息,从而进行基因表达水平研究、新转录本发现研究、转录本结构变异研究等。


        吉赛生物推出的全轉錄組測序服務主要针对
circRNA、lncRNA和mRNA,一舉三得,一次測序可以同時得到三者分子的表達情況,可應用于新circRNA和lncRNA預測以及已知circRNA和lncRNA表達水平研究等。

技術路線

樣品要求

        樣品類型:細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。
        物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)
        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

測序方案

        测序模式 PE150
        测序数据量 10Gb

生物信息分析內容

? 基礎分析

        1 原始数据质控检查

        2 比对结果质控检查

        3 基于基因表达的样品主成分分析

        4 差异基因表达及相關通路富集分析

        5 circRNA预测及鉴定

        6 circRNA差异分析

        7 差异circRNA宿主基因的通路富集分析

        8 差异circRNA的靶向miRNA预测分析

        9 长链非编码RNA差异分析

? 高級分析:

        1 基于基因表达的通路活性分析

        2 转录调控活性分析及通路互作分析

        3 差异长链非编码RNA的调控基因的通路富集分析

        4 circRNA及靶向miRNA网络调控制圖

 

案例展示

        競爭性內源RNA網絡揭示了肺癌的複雜分子機制

        Crosstalk in competing endogenous RNA network reveals the complex molecular mechanism underlying lung cancer

        Oncotarget, 2017, Vol. 8, (No. 53), pp: 91270-91280

        IF5.168

        測序策略:全轉錄組測序(包含miRNA測序)

        樣本分組:18對肺癌患者外周血及正常人外周血樣本,每3例病症相似的樣本混合後進行RNA抽提,測序樣本爲病人組6例及正常組6例,3對用于miRNA測序,3對用于全转录组测序。

 

        作者研究了肺癌發展的轉錄機制。本研究對肺癌病例組及健康對照組血液樣本進行RNA測序分析,識別了一系列差異表達的miRNAcircRNAmRNAlncRNA,並進行了通路富集分析。基于miRNA靶向基因作用,建立起競爭性內源RNA互作網絡,並篩選出重要節點。在肺癌患者中有59miRNA18306個基因,232lncRNA292circRNA的表達發生顯著改變(圖1)。這些miRNA與癌症的通路、結直腸癌及癌症的轉錄錯誤調控等癌症相關的通路緊密相關。此外,差異表達的基因顯著富集在嗅覺轉導和神經活性配體受體相互作用這兩條新的通路上(圖2)。在競爭性內源RNA網絡中發現了5個中枢miRNA(圖3),其中在hsa-miR-582-3p hsa-miR-582-5pWnt信號通絡中顯著富集,且存在于轉錄因子調節網絡中;hsa-miR-665MAPK信號通路密切相關。WT1ETV1的轉錄因子分別由hsa-miR-657 hsa-miR-582-5p調控,並調控雄激素受體基因表達。miR-582-5pmiRNA-582-3pmiR-657可能在肺腫瘤的發展中起重要的調節作用。本研究探索了肺癌發病的新機制,助力新療法的發展。

 

1RNA高通量測序数据热圖

A:病人组與正常组miRNA差异表达热圖

B:病人组與正常组circRNA差异表达热圖


 

2:差異表達基因及miRNA相關通路富集分析

 

3miRNA, circRNA, lncRNAmRNA競爭性內源RNA网络互作圖


高通量測序?