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標題摘要內容
RNA sequencing
翻譯组測序(Ribosome Profiling)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-08-15 | 5453 次浏覽 | 分享到:

        廣義的翻譯組指的是直接參與翻譯過程的所有元件,包括但不限于核糖體、正在翻譯的mRNA、調控性RNA、新生肽鏈及各種翻譯因子等;狹義的翻譯組特指正在翻譯的mRNA核糖體印迹測序(ribosome profiling,或ribo-seq)是指對被核糖體保護的30nt左右的mRNA片段進行深度測序分析,是目前研究翻譯組學的主要技術手段之一。

技術路線




樣品要求

        樣品類型:細胞組織裂解産物

        物种:哺乳动物細胞或組織(有参考基因组且注释信息完整)

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請咨詢技術支持。

測序方案

        測序模式 PE150

        測序數據量 20Gb raw data


案例展示

人類心髒翻譯組學研究

        The Translational Landscape of the Human Heart

        Cell (2019). DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.010  IF36.216

        測序策略:Ribo-seq & mRNA-seq

        樣本分組:80例心脏組織,65例心肌病,15例正常對照


        本研究對65例擴張性心肌病(DCM)患者左心室心肌組織和15例正常對照者的左心室心肌組織进行mRNA測序(mRNA-seq)及核糖體印迹測序(ribo-seq),分析了DCM與健康對照組被翻譯的RNA分子总体情况,结合之前一项心脏組織蛋白质组学的数据,系统分析了左心室心肌組織中被翻譯的ORF和對應的蛋白或多肽的總體信息。共發現1090uORF20763個传统的ORF以及74dORF。還包括了來自于169lncRNA 的339sORF(圖1)。此外,本文通過分析ribo-seq數據中被核糖體捕獲的circRNA接口序列找到了40個可翻譯的circRNA分子。作者分析接口位置Reads的條件是不少于9nt的跨接口堿基,在不少于3個样本且总Reads數不少于5個的才算有效的可翻譯circRNA(圖2)。 40circRNA來自39個基因,其中有6circRNA的翻譯産物在早期的蛋白質組學研究中有對應的質譜線索。40circRNA中也不乏大家耳熟能詳的明星分子,包括CDR1as等等。其中circCFLARcircSLC8A1circMYBPC3circRYR2是首次發現的心肌中可被翻譯的circRNA分子。



1   心髒翻譯組學研究概覽

2 Ribo profiling分析可翻譯的circRNA分子

Ribo-seq實驗及分析思路



Ribo-seq主要生信分析內容

        1. 原始數據

        2. 質量控制

        3. 序列長度選擇

        4. 比對到參考基因組

        5. Reads分布統計

        6. 翻譯/非翻譯uORFs特征分析

        7. TE翻譯效率分析

        8. 差異TE基因表達分析

        9. 差異TE基因聚類分析

        10. 差異TE基因GO/KEGG富集分析

        注:Ribo-seq的翻譯效率的分析需要结合RNA-seq的數據進行分析。

高通量測序?