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標題摘要內容
RNA sequencing
RNA m6A甲基化测序(MeRIP Seq)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-04-29 | 1834 次浏覽 | 分享到:


        m6A(N6-methyladenosine,6-甲基
腺苷)是真核生物中最常見最豐富的RNA修飾作爲一種可逆修飾,RNA既可以在甲基化轉移酶METTL3/14 等酶的作用下發生m6A甲基化修饰,又可以在FTO、ALKBH5等酶的作用下發生去甲基化修饰;另外,它能夠通過YTHDC1/2 m6A 識別因子發揮重要功能,例如目前已發現 m6A 在調控基因表達、剪接、RNA編輯、RNA穩定性、控制mRNA壽命和降解、介導環狀RNA翻譯等方面扮演重要角色 。    

         
circRNA 作为一类新的 RNA 分子,也被发现存在大量 m6A 修饰,并且与线性 RNA 共享相同的 Writers 和 Readers 但具有不同的表達模式m6A 對 circRNA 的生命活动具有重要的调控功能,包括m6A 能够介导 circRNA 的形成

        目前對m6A的轉錄組研究的主要方法爲MeRIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing),其原理是通过m6A特异性抗体識別並結合具有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沈澱,富集下來的RNA片段进行高通量測序。結合生物信息學分析,即可在转录组范围内對m6A修飾進行系統研究。


技術路線

 


樣品要求

        樣品類型:細胞或組織total RNA

        物種:哺乳動物細胞或組織(有參考基因組且注釋信息完整)

        具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請咨詢技術支持。


測序方案

        測序模式 PE150

        測序數據量 12Gb raw data


生物信息分析流程

 

 

 部分結果展示

 

RIP 富集分布分析

m6A基因組特征分布分析

 

m6A 全基因组分布分析

 

m6A的元基因分析


 

m6A 特定基因丰度展示


 

KEGG通路富集分析


 

Motif分析

 

m6A和轉錄組關聯分析

經典案例

案例1



案例2



參考文獻
  1.  Niu, Yamei, et al. "N6-methyl-adenosine (m6A) in RNA: an old modification with a novel epigenetic function." Genomics, proteomics & bioinformatics 11.1 (2013): 8-17.
  2.  Shi, Hailing, Jiangbo Wei, and Chuan He. "Where, when, and how: context-dependent functions of RNA methylation writers, readers, and erasers." Molecular cell 74.4 (2019): 640-650.
  3.  Meyer, Kate D., and Samie R. Jaffrey. "Rethinking m6A readers, writers, and erasers." Annual review of cell and developmental biology 33 (2017): 319-342.
  4.  Zhou, Chan, et al. "Genome-wide maps of m6A circRNAs identify widespread and cell-type-specific methylation patterns that are distinct from mRNAs." Cell reports 20.9 (2017): 2262-2276.
  5.  Tang, Chong, et al. "m 6 A-dependent biogenesis of circular RNAs in male germ cells." Cell Research 30.3 (2020): 211-228.
  6.  Meyer, Kate D., et al. "Comprehensive analysis of mRNA methylation reveals enrichment in 3′ UTRs and near stop codons." Cell 149.7 (2012): 1635-1646.



高通量測序?