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DNA sequencing
16s rDNA测序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 11418 次浏覽 | 分享到:

        16S rDNA是原核生物編碼16S rRNA的基因,長度約爲1500bp,由10個保守區和9個可變區(V1-V9)組成,可變區反映了物種間的差異性。16S rDNA-seq是通過提取微生物菌群的DNA,選擇可變區的特定區段(V3-V4)進行PCR扩增,再通过高通量測序的方法,帮助研究人员分析特定环境中微生物群体基因组成及功能、微生物群体的多样性与丰度,进而分析微生物与环境、微生物与宿主之间的关系,发现具有特定功能的基因。在医学领域,主要应用于肠道微生物与疾病的关联分析,揭示疾病与健康个体间微生物的差异,研究药物或饮食干扰后菌群差异,或某一病程发展过程中肠道菌群的变化,如结直肠癌等。

 

技術路線

  


樣品要求

樣品類型:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品。

物種常見有參微生物(詳詢技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式PE250

測序數據量 0.05M clean reads

 

生物信息分析內容

基礎分析  

1 原始數據處理及統計;

2 可變區域驗證;

3 操作分類單元(OTU)聚類及分析;

4 单样本物種分类及丰度分析;

5 多样品物種丰度分析;

6 Alpha多樣性分析

7 Beta多樣性分析

 

高級分析 

8 樣品差異主要因子分析;

9 組間顯著性差異分析;

10 系統進化樹構建;


高通量測序?