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 circRNA服務

circRNA服務?
高通量circRNA shRNA文庫
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-08-16 | 4006 次浏覽 | 分享到:

工作原理

        高通量文庫是一種高通量功能分子篩選技術,廣泛應用于生命科學與醫學相關研究領域。高通量文庫利用文庫分子對篩選模型的效應差異,文庫分子在功能模型篩選的過程會被選擇性富集或丟失由此實現功能分子的篩選circRNA shRNA文庫是專門針對circRNA的高通量shRNA文庫體系,適用于各種功能性circRNA篩選分析。



應用方向
        
致病關鍵分子篩選腫瘤發生發展及轉移相關circRNA篩選,病毒感染及生命周期相關circRNA分子篩選等;

        2 药学相關篩選:藥物敏感性/耐藥性及藥理作用相關circRNA分子的篩選等

        3 毒理學功能篩選毒理相關功能circRNA分子篩選分析等;

        4 分子細胞生物學功能分子篩選:特定信號通路相關circRNA篩選;增殖,死亡,自噬相關circRNA篩選;基因表达调控相關circRNA篩選等;

        5 再生医学與发育相關分子篩選:干细胞命运决定相關circRNA篩選;干性调控相關circRNA篩選等。



circRNA shRNA
文庫SCL-1

        吉賽生物專注于circRNA研究多年,成功開發出一款大庫容量的circRNA shRNA文庫Sh-CircRNA Library 1SCL-1),SCL-1文庫具有以下特点:

    ? 慢病毒文庫;

    ? 11930shRNA分子;

    ? 靶向1485circRNA;

    ? 靶向1050個对应母基因的mRNA;

    ? 靶向來源基因mRNA的shRNA均避開circRNA的共有序列;

    ? 涵盖大量热点基因、通路相關分子;涵盖多種肿瘤中高表达的circRNA分子;人类多種组织转录组高表达circRNA分子,能满足各種高通量文庫篩選模型。



circRNA shRNA
文庫篩選流程

        如圖1所示,設計靶向circRNA和對應mRNA的shRNA,合成并构建慢病毒文庫,用于细胞感染。细胞经过模型篩選后,文庫分子会被選擇性富集或丟失,分析模型篩選前后文庫分子的比例变化即可分析出與研究模型密切相關的功能分子。


1SCL-1文庫制备篩選流程示意圖



SCL-1
文庫分子選擇

        SCL-1文庫涵盖了多種人类来源组织和肿瘤標本中高表達的circRNA分子,與MiOncoCirc數據庫信息比对结果(圖2)表明SCL-1文庫分子在MiOncoCirc數據庫收錄的腫瘤類型中均有涵蓋,每種肿瘤中文庫的分子表達豐度都比較靠前。


2SCL-1分子在MiOncoCirc數據庫中对应每種肿瘤的收录情况



我們提供
的産品和服務

    ? SCL-1文庫慢病毒产品

    ? 功能篩選模型设计與NGS測序和數據分析

    技術支持:020-82254787



經典案例

        2019Cell期刊上報到了一項前列腺癌中circRNA的研究:Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.




        在該研究中,作者構建了針對表達豐度最高的
2000circRNA的shRNA文庫,篩選对前列腺癌生长所必须的essential circRNA,這些essential circRNA被干扰之后,细胞增殖显著曳N粕踔料赴岱⑸劳觥W髡咴谡庀钛芯恐泄卜治龅搅171essential circRNA,選擇了10個进行干扰和过表达验证,结果表明所篩選到的circRNA在細胞增殖中的作用非常顯著。



3 基于shRNA文庫篩選前列腺癌essential circRNA



參考文獻

1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.

2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.