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環狀RNA常用數據庫????????????


充分利用環狀RNA相關的在線數據庫,可以很好地幫助到平時的實驗研究工作。下面我們介紹環狀RNA相關的幾個重要數據庫。


circBase數據庫
1、選擇感興趣的circRNA

        這裏以“HIPK3”基因爲例,打開circBase網站(http://circrna.org/),在搜索框中輸入興趣基因“HIPK3”名稱,點擊“search”按鈕。





2、搜索結果選擇

“HIPK3”基因對應的環狀RNA有多個,其中hsa_circ_0000284在多種細胞和組織中皆有表達,表達水平很高,可以列爲重點研究的候選分子。


3、獲取環狀RNA序列



点击菜单栏的“fasta”,跳转到序列获取界面,这里可以选择获取“genomic”和“spliced” 基因组和剪接后序列,也可以选择增加上环状RNA分子上游或下游序列,仅环化剪接位点附近序列,进行扩展。一般我們选择“spliced”即可获得环状RNA分子的完整成熟序列了。


>hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............;

CircNet數據庫
        CircNet數據庫数据来源基于转录测序结果,并进一步联合microRNA等信息进行了整合分析,功能强大。数据库网址:http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/


        

該數據庫整合了以下信息:circRNA分子序列;circRNA與miRNA及靶基因的調控網絡;circRNA分子的表達譜;circRNA分子的基因組注釋。


        

還是以“HIPK3”爲例,檢索結果不僅顯示了與HIPK3環狀RNA相關的miRNA分子,也有環狀RNA表達譜數據和基因組定位等信息。

CircInteractome數據庫



CircInteractome數據庫整合的信息有以下几类:
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA

1、circRNA分子檢索
点击“circular RNA”输入“hsa_circ_0000284”点击“cricular RNA search”


2、获取circRNA详细信息:通过第一步输入circRNA ID号后即可进入该环状RNA分子的详细界面,如下图。



3、circRNA的PCR引物設計:該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計,操作如下:


        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。


        

點擊primer3後得到網站自動設計好的引物,具體結果見下圖。




3、circRNA的PCR引物設計:該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計,操作如下:


        输入circRNA分子ID号,点击divergent primers search,即可获得查询circRNA分子的junction sequence,下面还附带了2个PCR引物设计工具primer3和NCBI primer design,研究者可自行选择。


        點擊primer3後得到網站自動設計好的引物,具體結果見下圖。


4、circRNA的siRNA幹擾序列設計:該數據庫還提供了針對circRNA的siRNA序列設計,非常實用。下圖是針對“hsa_circ_0000284”軟件設計後給出的siRNA序列




deepbase數據庫
        中山大学推出的deepbase數據庫主要强调ceRNA分子网络互作,其中也整合了circRNA相关信息。网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/



        有效且靈活地整合在線circRNA相關數據庫知識,可以很好地爲實驗提供思路和指導。