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circRNA研究汇总 | 20200106-0112
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-01-13 | 230 次浏覽 | 分享到:

歡迎各位來到“circRNA研究報道彙總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發布的circRNA文獻共計26,下面我們一起來看看,circRNA研究最近有哪些新進展。

檢索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract] 



1、Kaposi肉瘤相關疱疹病毒編碼的circRNA在感染的腫瘤組織中表達並整合到病毒體中。


標題:Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions.

雜志:mBio

IF:6.747

通訊作者:Patrick S. Moore, Yuan Chang(美国马里兰州贝塞斯达国立卫生研究院国家过敏和传染病研究所)


最近發現,Kaposi肉瘤相关疱疹病毒(KSHV)可从多个KSHV基因产生环状RNA(circRNA),其中大部分来自K10(病毒干扰素调节因子4 [vIRF4]),K7.3和聚腺苷酸化核(PAN)RNA。该研究为了定义这些circRNA的表达,检查了感染KSHV的细胞系,患者组织和纯化的病毒粒子。在六种原发性渗出性淋巴瘤(PEL)细胞系的测试中普遍检测到KSHV circRNA的表达,KSHV和 Epstein-Barr病毒双重感染紧密潜伏的BC-1细胞中高表达,仅KSHV感染的BCBL-1个细胞中低水平表达。尽管病毒感染诱导线性vIRF4 RNA的激活,但是对应于特定KSHV环化位点(circ-vIRF4)的RNA却被最小限度地诱导。原位杂交实验结果显示在未诱导的PEL细胞circ-vIRF4表达丰富。在感染KSHV分子克隆的BrK.219细胞中,通过核酸梯度纯化出三种核酸酶保护形式的KSHV circRNA。其中,circ-vIRF4以去除内含子形式输出到细胞质,并包装进病毒颗粒,circ-vIRF4的半衰期是其线性对应物的半衰期的两倍。通过在存档组织中进行原位杂交实验和在储存25年以上的血清中进行逆转录PCR(RT-PCR),可以检测到KSHV circRNA的速率高于其对应的线性对应物。總之,KSHV circRNA在感染相关疾病中表达,可以根据病毒的生命周期进行调节,并掺入病毒颗粒中进行预先递送,提示其在早期感染中具有潜在功能。


图注:KSHV circRNA包装进病毒颗粒


2、CIRCexplorer3-CLEAR:直接比較環狀和線性RNA表達的分析流程。


標題:CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression.

雜志:Genomics Proteomics & Bioinformatics

IF:6.597

通訊作者:楊力(中國科學院上海營養與健康研究所)


由于外显子反向剪接产生的环状RNA(circRNA)序列与从相同基因位点转录的同源线性RNA的序列完全重叠,但其反向剪接连接(BSJ)位点除外。因此,从RNA-seq数据集中检查全局circRNA的表达通常依赖于跨BSJ位点的RNA-seq 片段(reads)的检测,这与通过映射到整个参考基因组的归一化RNA-seq片段对线性RNA表达的定量不同。因此,以全基因组方式直接比较来自同一基因位点的环状和线性RNA表达仍然具有挑战性。該研究中,研究者对先前报告的CIRCexplorer pipeline更新到版本3,以从消化核糖体RNA的RNA-seq(CIRCexplorer3-CLEAR)中进行circRNA和线性RNA表达分析。定义了一种新的定量参数,即每十亿个碱基对的片段数(FPB),用于通过映射到circRNA特异性BSJ位点或线性RNA特异性剪接点(SJ)位点的片段分别评估环状和线性RNA的表达。通过将FPBcirc除以FPBlinear来生成CIRCscore,可以直接比较圆形和线性RNA表达水平,该值使用线性RNA表达水平作为背景来表征相对circRNA的表达水平。CIRCexplorer3-CLEAR可以很容易地鉴定出具有线性RNA低表达背景的高表达同源circRNA,以进行进一步研究。CIRCexplorer3-CLEAR分析流程可从GitHub网站免费获取:https://github.com/YangLab/CLEAR。


3、环状RNA circ_001621海绵吸附miR-578后调节VEGF表达来促进骨肉瘤细胞增殖和迁移。


標題:Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression.

雜志:Cell Death & Disease

IF:5.959

通訊作者:賀明(中國醫科大學附屬盛京醫院骨外科)


盡管血管內皮生長因子(VEGF)在骨肉瘤中分子機制研究方面已取得重要進展,但靶向VEGF依賴性骨肉瘤的策略還是很有限。該研究中,研究者通过circRNA微阵列技术发现circ_001621是显著上调,且circ_001621高表达的骨肉瘤患者的生存时间较短。此外,通过在线数据库分析发现了circ_001621的几种潜在的海绵化miRNA。在候选的miRNA中,作者阐明了circ_001621和miR-578的关联,并实验观测到circ_001621 / miR-578 / VEGF在体外和体内的相互作用。結果表明,circ_001621分別通過減弱miR-578對細胞周期蛋白依賴性激酶4(CDK4)和基質金屬肽酶9(MMP9)的抑制作用來促進骨肉瘤的增殖和遷移。進一步裸鼠實驗證明circ_001621促進骨肉瘤轉移。該研究評估了circ_001621增強骨肉瘤進展的機制,並爲晚期骨肉瘤提供了新的治療靶標。


图注:動物實驗結果表明circ_001621促进骨肉瘤转移



參考文獻列表:

序號

主要內容

论文標題

雜志

IF

單位

1

Kaposi肉瘤相關疱疹病毒編碼的circRNA在感染的腫瘤組織中表達並整合到病毒體中。

Kaposi's Sarcoma-Associated Herpesvirus-Encoded circRNAs Are Expressed in Infected Tumor Tissues and Are Incorporated into Virions.

mBio

6.747

美國國立衛生研究院

2

CIRCexplorer3-CLEAR:可直接比較環狀和線性RNA表達的分析流程。

CIRCexplorer3-CLEAR: A Pipeline for Direct Comparison of Circular and Linear RNA Expression.

Genomics Proteomics Bioinformatics

6.597

中國科學院上海營養與健康研究所

3

环状RNA circ_001621海绵吸附miR-578后调节VEGF表达来促进骨肉瘤细胞增殖和迁移。

Circular RNA circ_001621 promotes osteosarcoma cells proliferation and migration by sponging miR-578 and regulating VEGF expression.

Cell Death Dis

5.959

中國醫科大學附屬盛京醫院

4

CircNF1-419可改善AD類小鼠的腸道微生物組結構和功能。

CircNF1-419 improves the gut microbiome structure and function in AD-like mice.

Aging (Albany NY)

5.515

廣東省微生物研究所

5

长非编码RNA 3通过靶向miR-128-3p在全反式维甲酸诱导的羊膜上皮细胞神经源性分化中增加神经元特异性基因的表达。

Long Non-coding RNA Maternally Expressed 3 Increases the Expression of Neuron-Specific Genes by Targeting miR-128-3p in All-Trans Retinoic Acid-Induced Neurogenic Differentiation From Amniotic Epithelial Cells.

Front Cell Dev Biol

5.206

濟甯醫學院等

6

胞外囊泡传递的环状RNA has_circ_0000190抑制骨肉瘤的进展。

Extracellular nanovesicles-transmitted circular RNA has_circ_0000190 suppresses osteosarcoma progression.

J Cell Mol Med

4.658

中國醫學科學院腫瘤醫院

7

环状RNA circVAPA通过海绵吸附miR-130a-5p调节乳腺癌细胞的迁移和侵袭。

Circular RNA circVAPA regulates breast cancer cell migration and invasion via sponging miR-130a-5p.

Epigenomics

4.404

南京中醫藥大學等

8

鑒定circRNA-miRNA網絡以探索乳腺癌的基本預後策略。

Identification of circRNA-miRNA networks for exploring an underlying prognosis strategy for breast cancer.

Epigenomics

4.404

南京醫科大學附屬第一醫院等

9

Docker4Circ:從RNA-Seq數據表征circRNA的可重複分析框架。

Docker4Circ: A Framework for the Reproducible Characterization of circRNAs from RNA-Seq Data.

Int J Mol Sci

4.183

意大利都靈大學

10

新型環狀RNA(hsa_circ_0000370)通過調節miR-1299和S100A7A,可提高細胞活力並抑制FLT3-ITD陽性急性髓性白血病細胞的凋亡。

A novel circular RNA (hsa_circ_0000370) increases cell viability and inhibits apoptosis of FLT3-ITD-positive acute myeloid leukemia cells by regulating miR-1299 and S100A7A.

Biomed Pharmacother

3.743

浙江大學醫學院附屬兒童醫院

11

大鼠脊髓損傷後環狀環狀RNA差異表達譜:時間和實驗分析。

Differential Circular RNA Expression Profiles Following Spinal Cord Injury in Rats: A Temporal and Experimental Analysis.

Front Neurosci

3.648

南通大學等

12

环状RNA circ-EGLN3通过miR-1299介导的IRF7激活促进肾细胞癌的增殖和侵袭性。

Circular RNA circ-EGLN3 promotes renal cell carcinoma proliferation and aggressiveness via miR-1299-mediated IRF7 activation.

J Cell Biochem

3.448

齊齊哈爾醫科大學附屬第三醫院

13

综述:环状RNA HIPK3(circHIPK3)及其在癌症进展中的调控。

The circular RNA HIPK3 (circHIPK3) and its regulation in cancer progression: Review.

Life Sci

3.448

江蘇大學附屬宜興醫院

14

circ_LARP4的上調可通過調節miR-513b-5p/LARP4軸來抑制卵巢癌細胞的增殖和遷移。

Up-regulation of circ_LARP4 suppresses cell proliferation and migration in ovarian cancer by regulating miR-513b-5p/LARP4 axis.

Cancer Cell Int

3.439

廣東省人民醫院

15

Circ-SOX4通過使miR-1270海綿化並調節PLAGL2激活WNT信號通路來驅動肺腺癌的發生和發展。

Circ-SOX4 drives the tumorigenesis and development of lung adenocarcinoma via sponging miR-1270 and modulating PLAGL2 to activate WNT signaling pathway.

Cancer Cell Int

3.439

吉林大學中日聯誼醫院

16

房顫患者心耳中環狀RNA的鑒定和表征。

Identification and characterization of circular RNAs in atrial appendage of patients with atrial fibrillation.

Exp Cell Res

3.329

上海長征醫院

17

瘢痕和正常皮膚成纖維細胞中環狀RNA的表達譜和生物信息學分析。

Expression profile and bioinformatics analyses of circular RNAs in keloid and normal dermal fibroblasts.

Exp Cell Res

3.329

南昌大學第二附屬醫院

18

楊樹木材形成過程中以適應低氮利用率的環狀RNA的鑒定和表征。

Identification and characterization of circular RNAs during wood formation of poplars in acclimation to low nitrogen availability.

Planta

3.06

中國林業科學研究院

19

環狀RNA的功能及其在胃癌中的潛在應用。

Functions of circular RNAs and their potential applications in gastric cancer.

Expert Rev Gastroenterol Hepatol

2.991

甯波大學醫學院

20

股骨頭壞死的骨髓幹細胞中miRNA和circRNA異常表達和細胞功能發生改變。

Changed cellular functions and aberrantly expressed miRNAs and circRNAs in bone marrow stem cells in osteonecrosis of the femoral head.

Int J Mol Med

2.928

北京協和醫院

21

CDR1as / miRNA与肌肉发育和疾病相关的调控机制。

CDR1as/miRNAs-Related Regulatory Mechanisms in Muscle Development and Diseases.

Gene

2.638

四川農業大學

22

CircRNA CDR1as基因敲低通过调节miR-219a-5p / SOX5轴抑制非小细胞肺癌的进展。

CircRNA CDR1as knockdown inhibits progression of non-small-cell lung cancer by regulating miR-219a-5p/SOX5 axis.

Thorac Cancer

2.524

西安交通大學第一附屬醫院

23

胞外囊泡circ_SLC19A1通过miR-497 / septin 2途径促进前列腺癌细胞的生长和侵袭。

Extracellular vesicle-derived circ_SLC19A1 promotes prostate cancer cell growth and invasion through the miR-497/septin 2 pathway.

Cell Biol Int

2.127

廣州醫科大學附屬第二醫院

24

Circ_0014130通过miR-142-5p / IGF-1轴参与非小细胞肺癌细胞的增殖和凋亡。

Circ_0014130 Participates in the Proliferation and Apoptosis of Nonsmall Cell Lung Cancer Cells via miR-142-5p/IGF-1 Axis.

Cancer Biother Radiopharm

1.894

蘇州大學附屬第三醫院

25

环状RNA cSMARCA5通过充当microRNA432海绵调节宫颈癌的进展。

Circular RNA cSMARCA5 regulates the progression of cervical cancer by acting as a microRNA432 sponge.

Mol Med Rep

1.851

河北滄州市中心醫院

26

环状RNA是II / III期结肠癌术后复发的强有力的预后标志。

A robust circular RNA-based prognostic signature for postoperative recurrence in stage II/III colon cancer.

AIMS Genet

Not Found

中山大學腫瘤防治中心