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RNA sequencing
RNA免疫共沉淀測序(RIP seq)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 15734 次浏覽 | 分享到:

RNA免疫共沈澱(RNA ImmunoprecipitationRIP )是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄後調控網絡動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點。 RIP這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白複合物沈澱下來,然後經過分離純化獲得結合在複合物上的RNA,再通过高通量測序实现对目的RNA的信息分析。RIP技术与高通量測序的结合,能帮助研究人员更好的了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA變化。

 

技術路線

 

圖釋:RIP-sequencing實驗流程(Zhao et al.  Mol Cell2010

 

樣本要求

樣品類型:RIP實驗分離的RNA樣品

物种:人、大小鼠(特殊物种详询技術支持)

?具体樣品量要求及样本采集、保存和运输方法请参照附录一。

 

 

測序方案

測序模式PE150

測序數據量10Gb


 

生物信息分析內容

1 原始數據質控檢查

2 比對結果質控檢查

3 測序reads全轉錄組分布圖

4 富集基因的鑒定及定量

5 富集基因表達及相關通路分析

6 富集環狀RNA的預測及鑒定

7 富集環狀RNA宿主基因的通路分析

8 富集長鏈非編碼RNA表達分析



高通量測序附录


高通量測序?