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DNA sequencing
circRNA測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 29647 次浏覽 | 分享到:

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        circRNA是区别于传统线性RNA的一类新型RNA,具有闭合环状结构,大量存在于真核转录组中,数量多达十万种。circRNA對核酸酶不敏感,比线性RNA更为稳定,这使得circRNA在作为新型临床诊断标记物的开发应用上具有明显优势。目前筛选circRNA主要有两种途径,一是高通量測序,二是芯片检测。区别于芯片预制好的只能检测有限数量circRNA分子,高通量測序不仅通量大、信息准确,而且可以发现新的circRNA,是目前筛选circRNA最有效、性价比最高的方法。


 

技術路線

 

 

樣品要求

? 樣品類型:細胞、新鮮組織、FFPE組織、血液或RNA樣品。

物种:人、大小鼠(特殊物种详询技術支持)

具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb 



生物信息分析內容

1 原始數據質控檢查

2 比對結果質控檢查

3 基于circRNA表達的樣品主成分分析

4 circRNA預測及鑒定

5 circRNA差異分析

6 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

7 差異circRNA的靶向miRNA預測分析


高級分析:

1 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖



案例展示

1.人喉鱗狀細胞癌中circRNA的RNA-seq表達譜

RNA-Seq profiling of circular RNAs in human laryngeal squamous cell carcinomas

Lu et al. Molecular Cancer (2018) 17:86

https://doi.org/10.1186/s12943-018-0833-x  IF6.204

測序策略:circRNA測序(RNase R+

樣本分組:10例,5例腫瘤組織(2例高分化,3例中分化),5例正常組織

 

人喉鱗狀細胞癌(LSCC)是起源于喉黏膜上皮組織的惡性腫瘤,是頭頸部腫瘤中惡性程度非常強的腫瘤,世界範圍內每年發生率占比2.4%,近年內還有逐漸增加趨勢。本研究主要關注circRNALSCC疾病中的表達情況。研究者選擇10LSCC患者臨床組織標本(2例高分化、3例爲中分化、 5例正常)進行RNA高通量測序,分析樣本中circRNA表達情況。共鑒定出21444circRNA,其中在LSCC樣本中顯著上調的circRNA 29個,显著下调circRNA 19個,进一步结合临床特征(高分化,中分化和正常)进行分类,将差異表达circRNA縮小到18個和5個(圖1)。CircRNA-miRNA-mRNA调控网络預測分析,发现20個失调circRNA與多種腫瘤相關的miRNA相關,信號通路KEGG富集分析發現,過氧化物酶體PPAR、軸突導向、Wnt簣D毎芷谕放cLSCC密切相關(圖2)。隨後的qPCR驗證結果顯示(圖3),has_circ:chr20:31876585-31,897,648可以很好區分LSCC標本和正常標本,表明circRNA可作爲LSCC潛在的理想標志物。


 

1 LSCC樣本中circRNA差異表達譜

 

 

2 CircRNA及靶向miRNA网络调控圖与KEGG代謝通路富集分析

 

 

3: hsa_circ:chr20:31876585–31,897,64810LSCC肿瘤样本及正常樣本中的Q-PCR驗證



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