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DNA sequencing
微生物宏基因組測序
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2017-09-02 | 7673 次浏覽 | 分享到:



        宏基因組(
Metagenome)是环境中全部微小生物遗传物质的总和,它包含了可培养的和未可培养的微生物的基因组。宏基因组测序是指对微生物群体进行高通量測序,通过测序数据分析特定环境中微生物群体基因组成及功能,研究微生物多样性、种群结构、生物进化与环境之间的关系,解读微生物群体多样性与丰度,微生物与宿主之间的关系,发掘和研究新的、具有特定功能的基因,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质。

 

技術路線

 

樣品要求

樣品類型:Meta樣品,如糞便、土壤等或Meta DNA樣品。

物種常见有参微生物(详询技術支持)

?具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄二。

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb

生物信息分析內容

 

基礎分析  

1 物種组成和丰度统计;

2 樣品複雜度分析;

3 样品间物種丰度差异分析;

4 基因組組裝;

5 基因組組分分析;

6 基因功能GO-COG注釋

7 基因功能KOGKEGG注釋

高級分析 

8 多樣品顯著相關因子分析;

9 與疾病相關的基因的深度分析;

10 菌群共生關系網絡構建;
11 系統進化樹構建;



高通量測序附录

高通量測序?