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DNA sequencing
ATAC-seq
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-03-08 | 2587 次浏覽 | 分享到:



        染色質區域的可接近性是特異性反式作用因子和順式調控元件相互作用的前提,基因表達的異常或者染色質調控因子的改變都將對細胞的命運産生深遠的影響,進而導致各種疾病的發生、發展。

        ATAC-seq 是通过使用高通量測序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列,再通过聚类分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。

 

ATAC-seq技術路線圖

 

樣品要求

樣品類型:500-50000細胞,活細胞>90%

物種

 

測序方案

測序模式 PE150

測序數據量 10Gb

 

生物信息分析內容

1 原始序列數據

2 測序數據質量評估過濾

3 測序數據比對到參考基因組

4 結合位點peak注釋分析

5 MOTIF注釋分析

6 結合位點peak關聯基因篩選

含分組樣本時可添加以下分析

7 組間數據差異peak分析

8 差异結合位點peak識別

9 差异結合位點peak關聯基因鑒定

10 差異位點peak靶基因的 GO 功能富集分析

11 差異位點peak靶基因的 KEGG 富集分析


高通量測序?