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 circRNA服務

circRNA服務?
circRNA shRNA文庫
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2019-08-16 | 1334 次浏覽 | 分享到:


circRNA shRNA文庫技術
circRNA shRNA文庫是一種高通量功能基因筛选技術,同时对多種circRNA分子在細胞水平進行幹擾,如果被幹擾的基因在所設計的功能模型中有作用,則會被選擇性富集或丟失。分析功能篩選前後幹擾RNA分布比例的變化即可獲得功能基因的信息。


第一代circRNA干扰文庫(SCL-1
吉賽生物開發出第一代的circRNA shRNA文庫Sh-CircRNA Library 1SCL-1SCL-1文庫靶向1485circRNA和對應的1050個来源基因mRNA的shRNA構成,總共包含11930shRNA分子,每個分子均设计3-5個不同的shRNA其中靶向來源基因mRNA的shRNA均避開對應circRNA的序列。

 

我們提供

1.提供包裝成熟的SCL-1文庫慢病毒产品;

2.提供功能篩選樣品NGS測序及數據分析服務。

 

SCL-1文庫筛选流程
如圖1所示,設計靶向circRNA和對應mRNA的shRNA,合成并构建慢病毒文庫,用于細胞感染。細胞经过模型筛选后,文庫分子会被特异性富集或丢失,分析模型筛选前后文庫分子的比例变化即可分析出与研究模型密切相关的功能分子。



1: SCL-1文庫制备筛选流程示意圖

SCL-1文庫目标基因选择
MiOncoCirc數據庫(圖2)爲參比,SCL-1文庫对应的circRNA分子均收录在该數據庫,每種肿瘤中文庫的分子的表达丰度都比较靠前。




2SCL-1分子在MiOncoCirc數據庫中对应每種肿瘤的收录情况

 

腫瘤名稱簡寫ACCAdrenal CarcinomaBLCABladder CancerBRCABreast CancerCHOLCholangiocarcinomaCOLOColon CancerESCAEsophageal CancerGBMGlioblastoma multiformeHCCHepatocellular CarcinomaHNSCHead and Neck CancerKDY Kidney CancerLEUKLeukemiaLUNGLung AdenocarcinomaMESOMesotheliomaMISCRare CancerMMMultiple MyelomaMPNmyeloproliferativeNHLNon-Hodgkin's LymphomaOVOvarian CancerPAADPancreatic CancerPRADProstate AdenocarcinomaSARCSarcoma (Osteo, Fibro)SECRGlandular CancerSKCMSkin CancerSTADStomach CancerTHCAThyroid carcinomaUCECUterine Corpus Endometrial Carcinoma

 

參考文獻:
1. Chen, S., et al., Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 831-843 e22.
2. Vo, J.N., et al., The Landscape of Circular RNA in Cancer. Cell, 2019. 176(4): p. 869-881 e13.